在種子市場中，國有種子公司以及農業科研院所、農業院校和農技推廣部門，依靠在農民心中良好的形象，發揮優勢，曾經在種子市場上。然而，隨著大量集體、個體公司的介入以及外資公司的大舉“入侵”，種子市場競爭日趨激烈，種子市場經營秩序出現混亂狀況。假冒偽劣的種子嚴重損害了廣大農民的利益，惡化了干群關系，影響了農業生產和社會穩定。

一是許可證的法人沒有隨著法人變化而變更；

二是種子許可證未年審或者不能年審，已失效卻繼續使用；

三是一些種子企業初次申請領證是合股、集資、借資等形式取得銀行資質證明，領得的許可證因市場的變化，股金、集資、借資資本已撤走，公司已成為“空殼”；

四是借用、租用許可證給他人使用，對他人的種子生產質量不聞不問。

一是超出種子生產許可證許可范圍，擅自到異地生產種子又不到當地農業行政主管部門備案；

二是無種子生產許可證，違法生產種子；

三是小面積制種，而大多數種子違法到他人基地收購而來。

一是無種苗生產許可證生產水果苗木種苗；

二是無種苗生產許可證或者產后辦證生產組培苗和扦插苗

三是無證生產蔬菜種子和食用菌菌種。

一是擅自更改種子生產日期，將上年陳種改為當年新種；

二是將市場不的品種改成品種；

三是種子標簽無種子使用說明和法定信息；四是種子包裝袋透明面太少，不便于種子購買者和種子管理人員觀看種子外觀質量。

一是種子經營人員農業科學基礎知識、種子使用技術貧乏，不能正常開展咨詢服務。二是法制觀念淡薄，進種隨意性大，不過問種子來源和質量，網點與網點之間隨意串換種子，用A公司的種子銷售發票銷售B公司種子。三是對抗檢查銷售未審定品種種子或者其他違規種子，采取隱蔽銷售或者開一本發票，甚至不開發票，逃避檢查。四是隨意代理多家種子企業的種子，不按規定變更營業執照和到農業部門備案。